Fransiskus Xaverius lahir di Navarra (Spanyol) tahun 1506, ia dikaruniai otak yang cerdas, sehingga dapat belajar dengan mudah. Ia masuk Universitas Paris dalam usia 28 tahun berhasil menjadi mahaguru. Orangtuanya seorang bangsawan kaya. Lingkungan pergaulannya adalah kaum terpelajar dan terkemuka Paris. Oleh sebab itu karier Fransiskus gemilang. Tapi ‘Apa gunanya manusia mendapatkan seluruh dunia, jika kehilangan jiwanya?‘ Inilah pertanyaan yang diulang-ulang oleh mahasiswa sebangsanya Ignatius Loyola. Pertanyaan ini mengusik hati Fransiskus dan membuka babak baru dalam lembaran hidupnya, sehingga pada suatu saat ia menyerah dan menjadi satu dari ketujuh anggota Serikat Jesuit pertama. Pada 15 Agustus 1534 mereka berjanji dihadapan Tuhan di gereja Montmatre untuk mengabdikan hidup mereka demi pentobatan orang tak beriman dan penyelamatan jiwa yang kemudian menandai berdirinya ‘Serikat Yesuit‘ (diresmikan oleh Paus Paulus III pada tahun 1540). Tahun 1541 Fransiskus bersama dua rekan Portugis diutus ke Goa, India. Di tempat baru ini ia segera memulai karya misi dan bergerak menyusuri India Selatan dan Sri Langka.
Puluhan ribu orang bertobat menjadi orang Kristen yang baik. Buah karyanya mengagumkan. Penderitaan orang pribumi yang ditimbulkan oleh tingkah laku penguasa sebangsa maupun penjajah ‘selalu menggores pedih di hatiku‘, kata Fransiskus pada suatu saat.
September 1545 di akhir bulan penduduk Malaka berbondong-bondong ke pantai menyambut ‘Padre yang suci‘ dengan meriah dan gembira. Perbuatan-perbuatan baik dan ajaib yang dilakukannya di India sudah tersebar di Malak. Fransiskus, nama padre termashur itu, sebenarnya singgah di Malaka hanya dengan maksud mencari kapal yang dapat membawanya ke Makasar. Sebab di India ia mendengar (1545) dari tiga pemuda Makasar, bahwa daerah ini dapat ditobatkan. Rakyat akan memeluk agama Katolik asal seorang imam diutus ke sana.Selama tiga bulan di Malaka, Fransiskus memanfaatkan waktunya untuk menyegarkan akhlak dan kehidupan perkawinan penduduk Malaka yang sangat merosot karena kekayaan yang berlimpah-ruah. Fransiskus menjadi sahabat kaum Portugis maupun rakyat Melayu. Mereka menghormatinya sebagai orang saleh. Ia berkhotbah dan rajin mengajar orang-orang yang sudah lama tidak mendapatkan pemeliharaan jiwa yang baik. Guna menunjang karya misinya, ia belajar bahasa Melayu dan menterjemahkan doa-doa penting dengan menambah sedikit keterangan.
Hari pertama tahun 1546 Fransiskus berlayar dengan kapal dagang ke pulau Ambon. Ia mencatat: "Para pelaut meminta seluruh waktuku dari pagi sampai malam; terus menerus mendengarkan pengakuan dosa, mengunjungi orang sakit, memberikan sakramen-sakramen dan penghiburan rohani kepada mereka yang akan meninggal, dan sering pula berkhotbah. Selama masa puasa saya kerjakan itu... Pulau Ambon banyak penduduknya, diantaranya tujuh desa yang beragama Kristen. Begitu tiba saya mengunjungi desa-desa itu dan memberikan Sakramen Permandian kepada anak-anak yang belum menerimanya. Kira-kira 390 mil dari situ terdapat suatu negeri, Pantai Moro namanya. Konon, di sana banyak orang Kristen yang sama sekali belum mendapatkan pelajaran agama. Saya akan pergi ke sana secepatnya. Saya menulis laporan ini supaya kamu tahu, betapa kamu dibutuhkan di sini. Memang saya sadar bahwa kamu diperlukan di India juga, tapi pulau-pulau ini sangat membutuhkan pertolongan yang lebih besar lagi..." Fransiskus mempermandikan kira-kira 1000 orang Ambon dan mempersiapkan kedatangan imam-imam baru. Lalu ia menuju Ternate (Juli 1646).
Setiap pagi Fransiskus berkhotbah kepada saudagar-saudagar Portugis, yang seluruh pikirannya dijejali oleh rempah-rempah dan wanita. Malam hari ia mengumpulkan orang-orang berbahasa Melayu, melatih mereka baik-baik untuk mengerti dan menghafalkan doa-doa dan menyanyikan cerita-cerita Kitab Suci. Tentang hasil jerih payahnya ia menulis: "Syukur kepada Allah! Di Ternate ini sudah menjadi kebiasaan, anak lelaki di jalan-jalan dan anak perempuan serta wanita di rumah, para buruh di perkebunan dan nelayan di laut, siang malam menyanyikan lagu suci, bukan lagi nyanyian-nyanyian kotor. Mereka senang menyanyikan Aku Percaya, Bapa Kami, Salam Maria, Kesepuluh Perintah Allah, Perbuatan-perbuatan belas kasih, Pengakuan Dosa Umum serta banyak lagu dan doa seperti ini. Mereka itu, baik yang baru bertobat maupun yang masih kafir, menyanyi dalam bahasa mereka sendiri. Syukur kepada Allah bahwa saya dengan cepat disukai, baik oleh orang Portugis di pulau ini maupun oleh orang pribumi yang beragama Kristen dan yang bukan!"
Setelah Fransiskus mengatur kedatangan pengganti-penggantinya, ia kembali ke Malaka lalu menuju Jepangpada tahun 1549 dimana ia diterima dengan baik dan penuh hormat. Belakangan ada usaha perlawanan dari kaum pendeta Budhis yang cemburu namun dapat di atasi. Namun sayang karya misi di Jepang terpaksa harus ditinggalkan karena ia harus kembali ke India untuk menyelesaikan permasalahan administratif.
Kemudian ia mengalihkan perhatiannya ke Tiongkok, sebuah negara besar yang pada waktu itu tertutup bagi orang asing. Ia didaratkan oleh sebuah kapal Portugis di pulau Sancian di depan muara sungai Chu Kian. Di sana ia menunggu jemputan perahu jung yang bersedia menyelundupkannya ke daratan Tiongkok. Tetapi ia jatuh sakit dan dalam waktu dua minggu meninggal di sebuah gubuk ditemani oleh Antonio,seorang Tionghoa muda yang telah menemani dia dari Goa.Menurut penuturan Antonio, dalam kematiannya St. Fransiskus tampak demikian bahagia sehingga banyak yang menyangkanya masih hidup. Ketika jenazah St. Fransiskus dimakamkan selama sepuluh minggu sebelum dapat dibawa oleh kapal, salah seorang menyarankannya untuk membungkus tubuh St. Fransiskus dengan kapur supaya daging-dagingnya cepat terserap dan tinggal tulangnya saja.
Fransiskus dipanggil Tuhan pada usia 46 tahun (1552). Tubuh St. Fransiskus dibawa lengkap dengan petinya yang asli ke Malaka dan diterima oleh Gereja. Pada tanggal 17 Februari 1553, peti jenasah dikeluarkan dan ternyata tubuh St. Fransiskus masih tetap utuh meskipun dilapisi oleh bahan yang destruktif. Makam yang disiapkan oleh Gereja ternyata terlalu pendek dan tidak dapat diperpanjang lagi. Akibatnya tubuh St. Fransiskus terpaksa dimakamkan tanpa peti dalam keadaan kepala tertekuk. Tubuh Santo suci ini terbaring dalam posisi demikian dan dalam keadaan kontak langsung dengan tanah selama hampir 5 bulan lamanya. Akhirnya Juan de Beira, seorang kawan sang Santo, mengunjungi kota tersebut dan mendapatkan tubuh St. Fransiskus masih tetap utuh. Kemudian diputuskan untuk membawa tubuh St. Fransiskus ke Goa, dimana St. Fransiskus Xaverius memiliki karya penginjilan yang luar biasa. Sesampainya di Goa tubuh St. Fransiskus disambut secara luar biasa oleh masyarakat yang berkerumun sampai empat hari lamanya. Sampai sekarang tubuh St. Fransiskus Xaverius disemayamkan di Basilika Bom Yesus - Goa. Ia dikanonisasi pada tahun 1622 oleh Paus Gregorius XV. Pada tahun 1614 atas perintah Claudius Acquaviva, Pemimpin Serikat Yesuit, tangan kanannya dilepas dari sikunya dan dibawa ke Roma, dan di taruh di altar di gereja Gesu. Pesta perayaannya tiap 3 Desember.
